Κλινικά χαρακτηριστικά ιαθέντων ασθενών με COVID-19 με επαναπροσδιορίσιμο θετικό RNA

Ο καθημερινός αγώνας της επιστημονικής κοινότητας με τον χρόνο για εύρεση θεραπευτικής αγωγής έναντι του ιού SARS-CoV-2 προσανατόλισε μία μερίδα ερευνητών στη μελέτη της εγκυρότητας αλγορίθμων πρόβλεψης δεσμεύσεων ανθρώπινων αντιγόνων λευκοκυττάρων (HLA-Ι και HLA-ΙΙ) στην οικογένεια των ιών Coronaviridae και ειδικά στο SARS-CoV-2, με σκοπό τη δημιουργία ισχυρών επιτόπων εμβολίου για τον SARS-CoV-2 που θα προσφέρουν μακροχρόνια κυτταρική ανοσία. Η βασική ιδέα ήταν να αξιοποιηθούν τα εργαλεία πρόβλεψης HLA-Ι και HLA-ΙΙ Τ-λεμφοκυττάρων από τον RECON® (Υπολογισμός επίτοπων σε πραγματικό χρόνο για την Ογκολογία) στην αναγώριση επίτοπων Τ-κυττάρων σε ιικά γονιδιώματα από την οικογένεια Coronaviridae και συγκεκριμένα σε γονιδίωμα του SARS-CoV-2.
Ο RECON® είναι πλατφόρμα βιοπληροφορικής που αναπτύχθηκε με χρήση πρωτεωμικού προφίλ των επιμέρους αλληλόμορφων HLA-I και HLA-II για την πρόβλεψη κανόνων δέσμευσης πεπτιδίων σε ένα διαφορετικό σύνολο τέτοιων αλληλομόρφων. Για να ελεγχθεί η καταλληλότητα αυτών των εργαλείων για τον εντοπισμό των επιτόπων των ιογενών Τ-κυττάρων, επικυρώσαμε αρχικά τις προβλέψεις HLA-I και HLA-II σε επιτόπους της οικογένειας Coronaviridae που κατατέθηκαν στη βάση δεδομένων Virus Pathogen Database and Resource Resource (ViPR). Στη συνέχεια, χρησιμοποιούμε τους HLA-I και HLA-II προγνωστικούς μας δείκτες για να αναγνωρίσουμε 11.776 HLA-I και 7.991 HLA-II υποψήφια πεπτίδια δέσμευσης σε όλα τα 12 ανοικτά πλαίσια ανάγνωσης (ORFs) του SARS-CoV-2. Αυτός ο εκτενής κατάλογος προσδιορισμένων υποψήφιων πεπτιδίων καθοδηγείται από το μήκος των ORF και από τον σημαντικό αριθμό αλληλόμορφων HLA-I και HLA-II που μπορούμε να προβλέψουμε (74 και 83 αντίστοιχα), παρέχοντας κάλυψη άνω του 99% για τον πληθυσμό της Αμερικής ΗΠΑ , της Ευρώπης και της Ασίας, τόσο για τα HLA-I όσο και για τα HLA-II.
Από τα ζεύγη αλληλόμορφων πεπτιδίων-HLA-I που περιγράφηκαν από το SARS-CoV-2, 368 ζευγάρια αντιστοιχούσαν πανομοιότυπα με τα προηγουμένως αναφερόμενα ζεύγη στη βάση δεδομένων ViPR, τα οποία προέρχονταν από άλλες μορφές κορωνοϊών και από τα ζεύγη αυτά τα 320 (89,1%) είχαν ένα θετικό αποτέλεσμα ανάλυσης σύνδεσης MHC. Η ανάλυση αυτή ενισχύει την εγκυρότητα των προβλέψεών και σε συνδυασμό με την ταυτόχρονη ταυτοποίηση πολλαπλών υποθετικών επιτόπων για Τ-κύτταρα CD4 + και CD8 +, των οποίων οι ιδιότητες σύνδεσης HLA καλύπτουν σχεδόν ολόκληρο τον πληθυσμό, αποτελεί θετική εξέλιξη για τη δημιουργία προφυλακτικού εμβολίου που θα επάγει ευρεία κυτταρική ανοσία.